омневаюсь, что все сбои возникли из-за клонирования, это довольно надежный процесс, на моей памяти подобных проблем он не вызывал. Кстати, а какой версией Ghost вы пользовались? Надеюсь, последней? Советую вам проверить системные файлы с помощью команды sfc /scannow и переустановить SP2.
Если бы вы до клонирования и после него сделали снимок системы с помощью Ashampoo Uninstaller, то стало бы ясно, кто виноват и что делать. В этом случае было бы легко и исправить повреждения системного реестра операционки, и обнаружить испорченные или пропавшие файлы.
Еще один вариант — залить заново заранее снятый образ раздела. Настоятельно рекомендую создавать его после загрузки компьютера со сменного носителя, даже если программа умеет делать это из-под Windows. Тогда снижается вероятность того, что открытые для записи файлы скопируются некорректно. Заодно вы сможете удалить всяческий ненужный мусор — своп-файл и файл, в который сбрасывается содержимое памяти в спящем режиме.